中央厨房冷链系统的工艺流程设计，主要包含动线的规划与温区的设置。其中，中央厨房动线的规划，相比冷链物流中心的动线规划更加复杂，主要包括人流、物流、气流，以及废弃物、容器输送与回收等的动线。货物与人员的流动，不能阻断、迂回、绕行和相互干扰，动线要合理流畅。
人流动线一般包括生产人员更衣消杀、由人员入口进入各个生产车间，低洁净区人员不能进入高洁净区，生产人员中途休息后需重新更衣消杀。物流动线通常有原材料输送、配料输送、不同工序生产加工、生产完成后称重包装打包等环节。气流主要有各个车间的气流组织，气流组织需要确定各生产区、功能区的正负压，基本原则是高清净、干燥防潮的环境需要保持正状态，使室内空气向外流动，使油烟、蒸汽不能进入室内污染环境和食品，产生油烟、蒸汽、异味、潮湿、余热的环境要保持负压状态，使室外气流向内流动，实施气流流程控制。
废弃物流主要是生产过程中产生的固体废弃物，如菜叶根皮、纸箱塑料泡沫等包装物等，废弃物就地收集，就近通过专用通道转移至厂房外部。容器动线主要有容器的保存、输送、使用和回收清洗，不同卫生等级作业区的容器互不混用。
动线的规划，需要在满足工艺要求之下，在各个作业区之间合理布置出最佳即最短的动线，避免不合理搬运，设置适合的搬运手段和设备。同时，要保证消防疏散通道的快速与快捷性。不同温区的规划设置，需要满足中央厨房内不同种类、不同环节中的食材存储与配送，包括食材、配料、包材等在内的原材料，其储存区应按照货物要求配置温区，如冷冻库、冷藏库、常温库；容易串味的食材还需注意分隔储存，如水产、香辛料等。
要按照储存规模、周转速度与厂房建造条件，来规划物流收储发模式，品种单一、货量大的原材料可尽量采用货架储存甚至自动化储存。此外，原材料在物流管理上需做到“先进先出”。各个生产环节工作区内的温度基本按照适合人员操作的适宜温度设置，不可过低或过高。
产品完成内包装后进入成品物流作业，包括成品装箱、贴码、码垛入库或者直接出库配送。中央厨房多数产品生产完成后不会全部进入成品库，等待后续订单再发货，有一些成品从生产线下来就进入分拣配送作业区，完成分拣集货后直接配送出去，尤其是冷藏即食类产品与热链产品。这两类产品保质期很短，生产完成后需及时配送。成品库按照产品特性设置温区，多数为冷冻库，少量冷藏库。针对运输配送环节，通常又可分为冷链、热链两种，运输设备基本采用全封闭厢式货车、不锈钢保温箱等。
在当前预制菜迅猛发展的机遇下，中央厨房及相关冷链系统的建设再度成为冷链行业关心的问题。如何规划建设好中央厨房的冷链系统，需要从产品特性、工艺流程、运营模式、园区建造、投入产出等多方面进行专业研究，互相均衡，才能尽量为中央厨房的顺利投产和运行提供保障。
